Akta X

Muž z Pentagonu nabízí Mulderovi zásadní případ, který se týká zmizelého uprchlíka i klonování mimozemských virů.

Muž z Pentagonu upozorní Muldera na případ prchajícího muže, který má nadlidskou sílu a místo krve zelenou tekutinu. Mulder sleduje jeho auto a dostává se až k doktoru Berubemu. Ten však odmítá vypovídat. Agenty zajímá, jestli se tip Muže z Pentagonu zakládá na pravdě – řekl jim, že "nikdy nebyli blíže". Krátce ostříhaný muž zabije doktora Nerubeno a Scullyová ukáže jeho práci jinému vědci, dr. Carpenterové. Ta zjistí, že dr. Berube klonoval bakterie podobné rostlinným buňkám. Jejich DNA v každém případě obsahuje mimozemské součásti. Uprchlík se zatím spojí s Mulderem a dovede ho do skladiště, kde se nachází pět lidí v podivných, kapalinou naplněných kontejnerech. Ozbrojení muži Muldera ze skladiště vyženou. Scullyová řekne Mulderovi, že poprvé v životě neví, čemu má věřit. Když se agenti vrátí do skladiště, najdou ho prázdné. Muž z Pentagonu Mulderovi vysvětlí, že to, co Mulder viděl, bylo pokusné testování mimozemských virů na nevyléčitelně nemocných pacientech. Tyto pokusy byly zlikvidovány komandem pod velením šéfů FBI. Muž z Pentagonu řekne agentům, že musí najít doktora Secareho, jednoho z experimentátorů, dříve, než se to podaří někomu jinému. Mulder, který pracuje dále sám, Secareho najde, ale krátce ostříhaný muž si bere Muldera jako rukojmí a dr. Secareho zabije. Muž z Pentagonu chce vyměnit mimozemskou tkáň za Muldera. Během této výměny je Muž z Pentagonu zastřelen. Jeho poslední slova byla: "Nikomu nevěřte."

O dva týdny později zavolá Mulder Scullyové, aby jí sdělil, že Akta X jsou umlčena. Dodá, že jeho práce bude pokračovat tak dlouho, dokud "pravda je tam venku."

Stejně jako úvodní díl i tento končí tím, že Kouřící muž ukládá mimozemský zárodek v obrovském skladišti v Pentagonu.