V roce 1963 zmizelo z věznice Alcatraz v San Franciscu 309 mužů. 256 vězňů a 46 strážných se prostě vypařilo a nikdy se už nenašli. Vláda oficiálně uzavřela věznici kvůli vysokým nákladům.
V roce 2012 je zavražděn federální zaměstnanec, bývalý zástupce ředitele věznice Alcatraz. Na místě činu jsou objeveny otisky muže jménem Jack Sylvane, který byl v 60 letech na Alcatrazu vězněn. Jenže podle záznamů, tento člověk dávno zemřel.
Detektivka sanfranciské policie, Rebecca Madsen, dostane tento případ, ale už na místě činu jí ho přebere zvláštní agent FBI, Emerson Hauser. Rebecca však sebere z místa činu otisky, které jí dovedou právě k Sylvanovi. Vyhledá proto odborníka na historii Alcatrazu, Dr. Diegu Sota. Společně se vydávají na Alcatraz aby zjistili co se vlastně děje.
Zde se opět setkávají s agentem Hauserem a jeho kolegyní, Lucy Banerjee, kteří ví mnohem více o tom, co se vlastně děje. Hauser vysvětlí Rebecce a Sotovi co se opravdu v roce 1963 stalo a společně se vydávají hledal vraha Sylvana.