Japonec Rokuro Okajima, zaměstnanec vlivné firmy Asahi Industries, je zaměstnavatelem vyslán, aby klientovi doručil disk s citlivými údaji, o jejichž diskrétní povaze nemá ani ponětí. V Jihočínském moři pak dojde k události, která zcela změní jeho život.
Pozor následuje podrobný obsah včetně spoilerů
Rokuro Okajima je pověřen zaměstnavatelem, mocnou japonskou firmou Asahi Industries, předáním nosiče s citlivými daty svému klientovi. Loď Meramarsia, na níž cestuje, je však přepadena posádkou torpédového člunu Black Lagoon, která má disk s informacemi získat pro ruskou mafii známou jako Hotel Moskva, která operuje v thajském městě Roanapura.
Rokuro o disk přichází a náhlým vnuknutím americké „ostré holky“ čínského původu Revy, se stává rukojmím, aby si posádka Black Lagoonu navíc vydělala na výkupném od Asahi Industries. Firma, provozující špinavé obchody se zbraněmi, však zaměstnance pouští přes palubu a najímá žoldáky, aby sprovodili ze světa důkazy včetně Okajimy.
Black Lagoon přistává v domovském roanapurském přístavišti a Rokuro, který se s méně agresivními členy torpédovky seznamuje, je už pod přezdívkou „Rock“ ke svému překvapení pozván ke společnému mejdanu u Žluté vlajky. Když je zábava v plném proudu, objevují se žoldáci, kteří podnik nešťastníka Baa kompletně rozstřílí, takže Bao jako už tolikrát nepřímo kvůli Revy o podnik přichází. Díky pistolnici Revy se však posádce čtyř (anti)hrdinů podaří uprchnout a nakonec s sebou vezmou i Rocka.
Žoldáci, díky Asahi Industries vybaveni plně vyzbrojenou bitevní helikoptérou, však BLack Lagoon objevují na moři při ústí řeky a ženou torpédovku do pasti...