Savonarola je mučen pro jeho kacířství a poté upálen. Juanova tělo je nalezeno v řece. papež odmítá uspořádat pohřeb, dokud nebude jeho vrah nalezen a potrestán. To přiměje Cesareho, aby se otci dobrovolně přiznal. Antonello se odhodlává k dalšímu kroku a chystá se papeže otrávit.
Rodrigo Borgia:(O svém mrtvém synu Juanovi.) Kdo by něco takového udělal? Kdo by se opovážil? Kdo by mu chtěl způsobit bolest? Lucrezia Borgia:(Tiše a hledíc na Juanovo mrtvé tělo.) Kdokoliv z těch, kterým ublížil. Rodrigo Borgia: Cože? Cos to řekla? Lucrezia Borgia: Nic, otče. Rodrigo Borgia: Cos to řekla? Lucrezia Borgia: Ptal jsi se, kdo by něco takového udělal. Odpověď je hodně lidí, otče. Hodně lidí. Rodrigo Borgia: Tomu nerozumíme. Tady leží tvůj bratr, chladnokrevně zavražděn a ty mluvíš jako kdyby... Hodně lidí. Hodně lidí, říkáš? Počítáš sebe do toho počtu? Lucrezia Borgia: Proč...? Cesare Borgia: Otče! Rodrigo Borgia:(křičí) Nech ji mluvit! Lucrezia Borgia:(také křičí) Co chceš, abych řekla? Víš, co mi udělal! Co mi vzal! Všichni to víte. A ty jsi nic neudělal kvůli rodinné cti. Přála jsem si ho mrtvého tisíckrát. A teď chceš, abych truchlila? Je mi to líto, otče, ale nemohu. (Stoupne si po bok Cesaremu.) Rodrigo Borgia:(na Cesareho) A ty? Byl to tvůj bratr. Neuroníš žádné slzy? Jsi snad z kamene? Cesare Borgia: Uronil jsem je už před dlouhou dobou. Znovu a znovu. Viděl jsem ho padat a slzel jsem. Měl bys to vědět, byl jsi u toho. A přesto jsi mu byl neustále nakloněn.
Cesare Borgia: Co jsi dělal s rukama, otče? Rodrigo Borgia:(Dívá se na své ruce špinavé od hlíny.) Pohřbili jsme našeho syna. A teď si uvědomujeme, že si za to můžeme sami. Cesare Borgia: Otče? Rodrigo Borgia: Ty jsi naše dílo. To, co jsi udělal, je také naše práce. Donutili jsme tě k tomu.
(Cesare se zpovídá otci ze zabití svého bratra Juana.) Cesare Borgia: Jedná se o to, že jsem vzal na svou zodpovědnost čin, který se nikdo neodvážil spáchat, přesto jeho spáchání vyhovuje všem.
Rodrigo Borgia:(o mrtvém Juanovi) Taky jsi ho chtěla mrtvého? Vanozza Cattaneo: Ne. Ne, byl to náš syn. Ale byly chvíle, mnoho chvil, kdy jsem si přála, aby se nikdy nenarodil.