Země byla napadena Drakhy, kteří vypustili do její atmosféry nebezpečný virus. Ten do pěti let vyhubí celé lidstvo. Země je v karanténě a na povrchu propukly masivní nepokoje. Prozatímní velení zemských sil bylo přesunuto na Mars. Kapitán Gideon je pověřen, aby velel nové lodi a nové posádce, která se vydá do hlubin vesmíru hledat lék.
Na jeho cestě ho bude doprovázet Dureena Nafeel, žena z planety zničené Drakhy a Technomág, který před devíti lety zachránil Gideonovi život.
Pozor následuje podrobný obsah včetně spoilerů
Děj navazuje na film. Drakhové právě kontaminovali zemskou atmosféru neznámým virem. Do systému byly svolány všechny dostupné lodě. Plavidlo kapitána Gideona dorazí pozdě. Už je po boji. Zemská orbita je plná trosek, atmosféra zamořena. Ztráty se sečetli až na sedm tisíc mrtvých. Na lodi dochází navíc k nepokojům. Posádka se obává příletu na Zemi a nakažení se virem. Země však byla uzavřena do karantény. Nikdo nesmí ven.
Gideon je povolán na Mars, kde bylo ustanoveno prozatímní velení pozemských sil. Je mu nabídnuto místo velitele nové lodi Excalibur. Jeho úkolem bude vydat se do hlubokého vesmíru a hledat lék u dosud neznámých druhů. Gideon přijímá a vybírá si tým. Do něho bude patřit jeho starý první důstojník, poručík Matheson, lékařka, Dr. Chambersová a také mimozemšťanka Dureena Nafeel, která přišla Gideona hledat.
Mezitím, na planetě Ceti 4 ztroskotá drakhská loď, kterou stíhal pozemský křižník. Je to jedna z lodí, která zaútočila na Zemi. Na povrchu planety pracuje archeologický tým IPX, který vidí zřícení lodi. Vydají se na místo havárie, ale jejich raketoplán je sestřelen. Pomocí dalšího raketoplánu vyletí nad atmosféru planety a vyšlou nouzový signál. V té době již přeživší Drakhové míří k jejich pozici.
Signál je zachycen a Excalibur míří k planetě. Podaří se jim najít členy expedice a zajmout drakhského velitele,který byl hlídán ve vraku lodi. ten však odmítá mluvit. Excalibur musí zatím čelit na orbitě dorazivším drakhským posilám. Ty jsou úspěšně rozdrceny.
Gideon si žádá Dr. Eilersona, vedoucího archeologické výpravy IPX, do svého týmu jako lingvistu. Kontaktuje ho ale také Technomág, který před devíti lety zachránil Gideonovi život. Ten byl svými lidmi vyhnán, protože pomáhal jiným. Nyní bude pomáhat Gideonovi.