Poté, co Tom Mason vstoupí dobrovolně na palubu lodi, je odvezen na mateřské plavidlo. Tam mu zástupce mimozemské rasy navrhne dohodu.
Mezitím se děj posune o tři měsíce dopředu. Přeživší pokračují v boji s invazními jednotkami. Mají novou taktiku, ale mimozemšťané neustále vyvíjí účinější postupy a jsou jim v patách. Skupina se musí opět přesunout.
Pozor následuje podrobný obsah včetně spoilerů
Děj je rozdělen do dvou dějových linek. Jedna pokračuje tam, kde skončila první série, druhá se odehrává o tři měsíce dále.
Tom Mason vstoupí dobrovolně na palubu mimozemské lodi a je odvezen na mateřskou loď obíhající naši planetu. Zástupce mimozemské rasy mu prostřednictvím Karen nabídne dohodu. Pokud se lidé přemístí do neutrální zóny, kde je budou moci invazní jednotky kontrolovat, mohou tam žít své životy v míru. V opačném případě bude válka pokračovat a lidé budou vyhubeni. Mason odmítne a je brzy na to vyklopen zpět na Zemi. Nechají ho naživu daleko od Bostonu. On musí proto nejprve pěšky a později na motorce putovat týdny, aby se opět setkal se svou rodinou a jednotkou. Když se dostane do jejich blízkosti, jeho vlastní syn, Ben, ho nechtěně postřelí v boji se Skittery. Mason je odvezen do tábora, kde Dr. Glassová bojuje o jeho život. Masonova cesta trvá od nastoupení do mimozemské lodi po jeho postřelení tři měsíce.
V době, kdy byl Mason nezvěstný, jeho jednotka pokračovala v boji. Zaměřili se na zabíjení Skitterů, kteří jsou prostředníky mezi mimozemšťany a unášenými dětmi. I když se jim z počátku dařilo, emzáci velice rychle dokázali vyvíjet lepší postupy a bylo jen otázkou času, než najdou jejich tábor. V jednom z bojů se Ben, Masonův syn pustí neuváženě do boje s přeživším Skitterem a zasáhne svého otce, Toma, který se tam zničehonic objevil. Odvezou ho do tábora, kde ho Dr. Glassová operuje. Mezitím se celá skupina musí přemístit na jiné místo.