První díl čtvrté sezóny pokračuje přesně tam, kde skončila poslední epizoda série třetí - Atlantida se pohybuje volně ve vesmíru kvůli předčasném vystoupení z hyperprostoru. Nikdo neví, ve které části vesmíru se město nachází a ještě do toho je těžce zraněna dr. Weirová. McKay společně se Zelenkou zjistí, že Atlantidě nebezpečně rychle klesá energie, protože paprsek replikátorů poškodil rozvody. ZPM se tedy vybíjí mnohem rychleji a moc dlouho již nevydrží. Rodney je tak nucen vypnout všechny nepotřebné systémy a postupně zmenšovat štít...