Píše se rok 4032 a městečko Wayward Pines stojí na prahu občasné války mezi dvěma frakcemi. Město ovládají členové První generace. Jejich odpůrci chystají rebelii, která by ve Wayward Pines nastolila jiný druh vlády. Jejich vůdci jsou mladý Ben Burke a Xander Beck. Do tohoto chaosu se probouzí doktor Theo Yedlin, který není ani pořádně seznámen se současnou situací. Naopak je hned postaven na operační sál, kde leží ve vážném stavu Kate Hewsonová, která patří mezi frakci odporu. Theo ji má zachránit život, aby vůdce První generace, Jason Higgins, mohl zjistit, kde se ukrývají členové odporu.