Od souboje mezi Godzillou a dvojicí monster v ulicích San Franciska v roce 2014 uplynul rok. Bitva mezi titány si vyžádala velké množství mrtvých a měla za následek, že se svět výrazně změnil. Cate Randa, přeživší tohoto útoku, přilétá do Japonska. Její otec Hiroši zemřel za záhadných okolností a po jeho smrti našla nájemní smlouvu s klíčemi od bytu v Shinjuku. Po vstupu dovnitř zůstane zaskočena, protože odhalí, že otec měl druhou rodinu a dalšího potomka, syna Kentara.
Bill a Keiko, dvojice vědců z organizace Monarch, přijíždí v doprovodu poručíka Lee Shawa v roce 1959 do Kazachstánu. V okolí zničené jaderné elektrárny chtějí dokázat jejich teorii o existenci sítě. V lese natrefí na chlapce, který jim prozradí, že okolí není kontaminováno. Sami se o tom brzy přesvědčí. Přestože se nacházejí v blízkosti epicentra výbuchu a dané místo by mělo být silně zamořeno, Geigerův přístroj nezachycuje žádnou radiaci. Něco ji z okolí vysálo.