Náměstek ministra námořnictva přebírá vyšetřování jednotky NCIS, protože v jejich řadách je krtek, kterého se jim doposud nepodařilo odhalit.
Mezitím tým vyšetřuje podezřelou zásilku humanitární pomoci do Afriky, zachycenou na letišti z důvodu zjištěné radioaktivity. Narazí na teroristy, kteří mohou vyrobit tzv. špinavou bombu. Do vyšetřování se pletou agenti ministerstva spravedlnosti a to týmu komplikuje situaci. Callen G. s kolegy tajně odlétají do Sýrie dopadnout vysoko postavenou osobu v řadách teroristů.