Bývalý kapitán, nyní penzista Nathan Bridger je požádán, aby se vrátit do námořnictva a velel nové ponorce SeaQuest, pod vedením Spojené Oceánské organizace. Jeho ponorka se musí postavit proti pirátským silám vedeným kapitánkou Marilyn Starkovou, bývalou velitelkou SeaQuest, která se pokusila vyvolat celosvětovou válku.